Cuối thời Lê, đầu thời Nguyễn, Bồ Đề là một thôn thuộc xã Lâm Hạ, tổng Gia Thụy, huyện Gia Lâm, trấn Kinh Bắc. Sau này Bồ Đề trở thành tên làng, tên gốc là Phú Viên hoặc Phú Hựu. Làng Bồ Đề có giai đoạn thuộc xã Phú Viên, huyện Gia Lâm, tỉnh Bắc Ninh. Trong kháng chiến chống Pháp, làng nằm trong xã Toàn Thắng thuộc huyện Gia Lâm, tỉnh Bắc Ninh. Sau khi hòa bình lập lại, làng Bồ Đề cùng các làng Ái Mộ, Ngọc Lâm và Lâm Du tách khỏi xã Toàn Thắng lập thành xã Hồng Tiến thuộc quận VIII nội thành Hà Nội, rồi tháng 5 năm 1961 lại chuyển về huyện Gia Lâm. Năm 1965, trở thành xã Bồ Đề.

Làng Bồ Đề ở ngay đê sông Hồng, bên kia cầu Chương Dương. Ngày xưa, Bồ Đề có hai đường thiên lý, một đường đi Cổ Bi - Phú Thị để sang trấn Hải Dương; một đường đi Như Quỳnh, xuống Hải Dương - Hải Phòng, tức Quốc lộ 5 hiện nay. Còn nếu đi dọc đường đê thì có thể xuống làng Bát Tràng.

Sở dĩ gọi là "Bồ Đề" vì xa xưa trong làng có hai cây bồ đề cao, nổi bật giữa những làng quê ven sông Hồng, ngang đỉnh tháp chùa Báo Thiên ở trong Kinh thành Thăng Long ở bên kia sông.

Tại làng Bồ Đề có chùa Bồ Đề.